高鐵南延屏東從「左營方案」大轉彎為「高雄方案」，綜合規畫、環境評估全數重來，將面臨龐大成本。多名交通學者專家質疑，當年選定左營方案時，就有許多人認為技術不可行，政府以政治考量付出大量成本才轉彎，缺乏專業性，建議高雄方案也應先做可行性研究。
淡江大學運輸管理學系退休教授張勝雄指出，左營方案早在多年前就有許多人提出質疑，但鐵道局評估了四、五年才發現專業上不可行。而現在高雄方案還有很多問題沒有提出來，且絕對不會比左營方案來得少，會不會再花四年才發現又有困難？建議應先做可行性研究。
張勝雄也說，現在高鐵南延的路廊幾乎與台鐵重複，花了逾千億元卻看不出效益為何？還不如將這些經費用於改善現有交通。此外，高雄車站周邊因鐵路地下化工程沒落，現在因高鐵又要再挖一次，商圈恐等不到起死回生恐就會被閹割。
台灣鐵道暨國土規畫學會秘書長黃柏森認為，當年拍板左營方案就過於倉卒，儘管鐵道局宣稱是因仁武石化廠改路線後才完全不可行，但也代表當年未確實評估各種狀況跟風險成本。而現在雖然高雄方案在工程可行性較高，但進入市區要拆遷的量更大，也有很多工法要克服。重大建設就是政治的一部分，高鐵南延無論採何種方案，都可能造成營運虧損，至今未看到鐵道局說明南延後的實際效益及需負擔多少成本，包括未來虧損是否轉嫁至票價調漲、要由誰來營運。
成大交通管理科學系主任鄭永祥也說，當年許多專家就曾提出，左營路線恐影響高鐵調度及維修能量，但政府因工程時間短、較便宜且拆遷少選擇左營方案，後來才發現不可行，現在重新來過，在時間、經費上恐需付出更龐大的成本。
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